OS X Mavericksにアップデートしたらhomebrewでインストールしたscipyがアップデートできなくなった話
問題
前までhomebrewを使ってpython2/numpy/scipyをインストールしていたのですが、Mavericksにしてからscipyのアップデートができなくなりました。
Error: scipy dependency tbb was built with the following C++ standard library: libc++ (from clang) This is incompatible with the standard library being used to build scipy: libstdc++ (from clang) Please reinstall tbb using a compatible compiler. hint: Check https://github.com/mxcl/homebrew/wiki/C++-Standard-Libraries
scipyが依存しているtbbというパッケージのエラーです。
MavericksになってからC++コンパイラが変わったらしく、tbbを再インストールし直せとのことですが直らず...
調べてみたら同じ問題に直面した方もいらっしゃったみたいです。
Unable to brew scipy on os x mavericks · Issue #48 · samueljohn/homebrew-python · GitHub
直らないので
いっそのこと全部インストールし直そう!と思いhomebrewごと再インストールしたのですが、いつのまにかnumpy/scipyがbrewのパッケージから無くなってました...
というわけで、pythonだけbrewで、他はpipでインストールしたらうまく行きました。
# pythonはbrewでインストール brew install python # 科学技術計算環境はpipでインストール pip install numpy pip install scipy pip install matplotlib pip install scikit-learn
pipで入れられるものは極力pipで入れたほうがいいのかもしれません。